A lo largo del siglo XIX la tirante relación entre El Salvador y Guatemala tuvo distintas causas. Primero, comenzó con una pugna entre los propietarios del Consulado de Comercio, que gozaban del monopolio comercial a lo largo del Reino de Guatemala, cuyos dueños eran miembros de la élite criolla, bajo control de la familia Aycinena, residente en la capital, que imponía los precios a los productores de añil y ganado de las provincias, que protestaban, pero era en el consulado donde se dirimían las disputas y, en manos de la élite, era difícil ganarle.

Para mantener el monopolio comercial se dieron por hacer la independencia de 1821 de manera interesada, pues España del “Trienio Liberal” iba a liberar los mercados y los consulados dejarían de existir. Para tener mayor fuerza frente a la provincias del reino, la élite mexicana forjó el imperio mexicano, que abarcó de lo que es hoy Canadá hasta Costa Rica, cuando se unió el Reino de Guatemala. Empero, la autoridad mexicana tuvo que doblegar con sus tropas a El Salvador porque se había opuesto a la anexión a México. Pero cuando el imperio se disolvió, los salvadoreños coparon las diputaciones centroamericanas en julio de 1823 y declararon la nueva independencia de Centroamérica. Los líos continuaron entre El Salvador y la élite guatemalteca por el control federal y la guerra la dirigió Manuel José Arce primero, cercano a Mariano Aycinena, contra El Salvador y Honduras. Al final ganaron las provincias comandadas por Francisco Morazán en 1829, que confiscó los bienes a la élite y de la Iglesia y los desterró incluso a religiosos y obispos, dejando poco curas en los pueblos. Morazán se hizo cargo de la federación hasta 1839, en que, luego de batallar en  contra de los estados para que pagaran su cuota anual para mantener a las autoridades federales, se autodisolvió. Tras ser derrotado, a partir de 1840 vino la década de los caudillos rurales, con apoyo campesino, entre ellos Rafael Carrera y el hondureño Francisco Ferrara, que tuvieron en jaque y bajo su dominio a los criollos de ambos signos. E impusieron a los Malespín en El Salvador como mandamases, cuyas ondas llegaron hasta Nicaragua con batallas armadas en todos lados y sin cesar, propios de estados débiles, faltos de organización pero de base rural.

A inicios de 1847 vino un tremendo huracán que dejó secuelas de inestabilidad en varios estados, como Guatemala. Se gestaron  las repúblicas, como en el caso de la nuestra el 21 de marzo de ese año, para enfrentar la hambruna y falta de cosechas de maíz. En tal desorden surgieron los grupos bandoleros por doquier para robar a los finqueros y pueblos, al punto que el presidente salvadoreño Doroteo Vasconcelos le echó el ojo a las tierras de Guatemala, y, con el pretexto de apoyar la reconstitución del Estado de los Altos, al que apoyó, atacó Guatemala en alianza con Honduras para segregar Chiquimula a su territorio, pero Carrera lo venció con mil quinientos soldados contra un ejército de más de seis mil tropas, que cayeron en su trampa en la aldea La Arada el 2 de marzo de 1851, gracias a una muy planificada estrategia.

 En 1855 los liberales del istmo se plegaron a William Walker y a sus filibusteros en Nicaragua financiados por la Casa Blanca, mientras los conservadores estaba del lado inglés, por el asunto del canal interoceánico. Pero Walker en un año de batallas fue vencido por las tropas ticas y guatemaltecas al mando del coronel Víctor Zavala, que por sus logros Carrera lo ascendió a mariscal de campo en 1856.  Años después, las siguiente gran contienda bélica entre Guatemala y El Salvador tuvo como causa la pugna entre dos  tipos de regímenes: el régimen conservador se sustentaba en la comunidades indígenas y en la Iglesia; y el otro régimen, de Gerardo Barrios, dispuso el despojo de los bienes y tierras de la iglesia y de los indígenas, más la coersión laboral nativa para proucir café. Cuando comenzó a hacerlo, forzó la emigración  de curas y obispos a Guatemala. Carrera reaccionó subvestimando a su enemigo y lo atacó sin un plan ni un tren de guerra y, por falta de comida y agua, fue doblegado en Sonsonate y volvió a Guatemala humillado, quedando el Puerto de San José bloqueado por el cañonero El Salvador, luego que lo bombardeó en 1862. A fin de año Carrera planificó bien su ataque: hizo alianza con Nicaragua para atacar juntos a Gerardo Barrios: Carrera mandó al general Vicente Cerna a ocupar Honduras primero para romper su alianza con Barrios, y lo logró, pues Honduras quedó en manos de Cerna, mientras Carrera y Zavala obtuvieron la victoria en San Salvador con la ayuda del presidente Martínez de Nicaragua en otro flanco. Y Carrera fue recibido como un libertador en El Salvador sobre todo por los los indígenas y curas.

La lección de esta última guerra, es que cuando se unen varios estados del istmo, es posible doblegar a un gobernante enemigo si hay claridad de objetivos. Eso es así en términos de alianza y la postura aliada podría triunfar, como ocurre en cualquier escenario internacional: no se recomienda a un estado ir solo para conseguir sus objetivos sino en alianza con otros.

La última guerra entre Guatemala y El Salvador se dio en 1903, la “Guerra del Totoposte”, cuando el presidente Estrada Cabrera se opuso a crear una federación centroamericana presionada por el presidente mexicano Porfirio Díaz, con quien antagonizaba.