Los señalamientos de la Fiscalía contra Delitos Electorales se fundamentan en que Muñoz, en el ejercicio de sus funciones, permitió la inscripción del partido político Prosperidad Ciudadana para su participación en las Elecciones Generales 2023, a pesar de que no cumplía con los requisitos establecidos por la Ley Electoral y de Partidos Políticos (LEPP). Según el Ministerio Público (MP), esta acción constituye un acto ilícito al haberse dado de manera irregular y fuera del marco legal vigente.

La Corte de Constitucionalidad, en una resolución emitida el 26 de mayo de 2023, certificó al MP lo conducente en el caso, indicando que los señalamientos contenidos en los expedientes relacionados con Prosperidad Ciudadana ameritaban una investigación para determinar si hubo actos delictivos en la inscripción del partido.

El juez Bremer benefició a Muñoz con arresto domiciliario y le impuso una caución económica de Q100 mil a pagar en 24 horas. 

Pese a que el caso no se encuentra bajo reserva, por orden del juez, la prensa fue retirada de la audiencia, impidiendo la labor informativa de los periodistas.

Muñoz sería juramentado el pasado domingo 13 de octubre como magistrado de Salas, pero debido a su captura, su toma de posesión no se llevó a cabo. Muñoz fue nombrado presidente de la Sala Mixta de Apelaciones de Baja Verapaz.